La respuesta depende del método de etiquetado:
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Hiperetiquetado
Si etiquetas tus notas utilizando hiperetiquetas, no es necesario que lo hagas.
Las notas se recogen durante el proceso de Conversión, debido a los hipertags insertados en el componente visual (PDF). La única información que hay que incluir son los estados financieros principales y los datos generales.
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Búsqueda de texto
Si estás utilizando el método de Búsqueda de Texto, necesitarías establecer el entorno de etiquetado en la Plantilla de Excel. Más información aquí.